1. Бурундук встречается в заповеднике от побережий до высокогорий.

2. Алтайская пищуха обычна в высокогорьях Баргузинского хребта.

3. Сибирская кабарга тёмно-бурая со светлыми пятнами.
Это самец. У самцов есть несменяемые острые клыки, выступающие из-под верхней губы ниже подбородка. Длина саблевидных изогнутых назад клыков достигает 10 см. Питаются побегами пихты и лишайниками.
Кабарга очень скрытный зверь и ведёт сумеречный образ жизни.
Увидеть её в тайге удаётся очень редко.

4. Черношапочный сурок отличается чёрной или чёрно-бурой «шапочкой» на голове. Мех длинный и мягкий. Высота самых длинных волос на спине более 33 мм. Охраняется на территории Байкало-Ленского и Витимского заповедников.

5. Баргузинский соболь - очень ловкий и подвижный, хорошо лазает по деревьям, не проваливается даже в глубоком снегу благодаря широким лапам с густым мехом. У баргузинских соболей пух по оттенку одинаков на всей шкурке. Всеядный хищник. Ест в основном мышей, часто поедает белок, реже нападает на зайцев, на рябчика.

6. Бурый медведь в высокогорье. В заповеднике много медведей. Это настоящий «медвежий угол».

7. Лось. У самцов рога образуют «соху» с отростками, за что лося называют «сохатым». Мех ломкий, длинный, тёмно-бурой окраски. Летом лось питается травянистой растительностью, зимой поедает ветви и кору осины, ивы, берёзы, пихты, можжевельника. Лось, усиленно питаясь вершинками и побегами лиственных пород, сдерживает их рост в высоту и способствует тем самым росту хвойных пород, особенно сосны. На территории Баргузинского заповедника живут 10 лосей. Предпочитают долины рек, поросшие смородиной и ивняком.

8. Даурский ёж.

9. Рысь. Пятнистая шкура помогает рыси нападать практически незамеченной, скрывая её среди солнечных бликов, падающих через кроны деревьев. Охотится рысь в сумерках. Вопреки распространённым представлениям, она никогда не прыгает на свою жертву с дерева, но предпочитает подкарауливать добычу в засаде или скрадывать, а затем нападать большими, до 4 м, прыжками. Отлично лазает по деревьям и скалам, хорошо плавает. Образовав пару, самец и самка бодаются лбами буквально до хруста костей.

10. Волк.

11. Росомаха.

12. Колонок.

13. Выдра.

14. Щенки выдры держатся при матери не менее восьми месяцев.

15. Снежный баран.

16. Заяц-беляк. В берёзовых рощах иногда можно встретить зайца-беляка.

17. Белка.

18. Кабан.

19. Красный волк.

20. Марал.

21. Нерпа (байкальский тюлень) - эндемик Байкала.

22. Детёныш нерпы - белёк.
